Pada awalnya, program sertifikasi halal MUI hanya mencakup produk makanan dan minuman. Namun, seiring dengan perkembangan permintaan konsumen dan perkembangan industri, program sertifikasi halal MUI diperluas untuk mencakup produk-produk non-makanan, seperti kosmetik, obat-obatan, dan produk-produk lainnya.
Hingga saat ini, sertifikat halal MUI masih menjadi acuan utama untuk menjamin kehalalan produk di Indonesia. Dalam pengeluaraannya, sertifikat halal MUI didasarkan pada prinsip-prinsip syariah dan terus diupdate dan diperbarui sesuai dengan perkembangan terbaru di bidang teknologi dan industri